集菌儀是集菌培育器的配套運用儀器，經過集菌儀的定向活動加壓作用，口罩被過濾并在濾器內進行培育，以查驗口罩是否含菌。檢測口罩進程：口罩經過進樣管道連續被注入集菌培育器中，使用集菌培育器內構成的下壓，經過0.45微米孔徑的濾膜過濾，口罩中可能存在的微生物被截留搜集在濾膜上，經過沖刷濾膜除掉口罩的抑菌成分。然后把所需培育基經過進樣管道直接注入集菌培育器中，放置規則的溫度培育，調查是否有長菌現象。廣泛適用于打針用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌打針用水等，也可用于食物、飲料職業等微生物限度查看。
微生物限度檢驗的集菌儀（反復使用培養器）SOP純化水、注射用水、上清液、口服液等的薄膜過濾方法
1.取濾膜（直徑50mm）N張，浸泡在純化水里約5分鐘
2.用鑷子取出濾膜，平貼在不銹鋼網片上，將不銹鋼網片放入不銹鋼底
座里，放入墊片和O型圈，將螺蓋和杯體蓋緊組裝成一套完整的全封閉過濾培養器。
3.滅菌，用牛皮紙將組裝好的培養器包好，放入高壓濕熱滅菌鍋里進行滅菌（按照2005年中國藥典）的規定進行滅菌。
4.取滅菌好的培養器至微生物限度檢定室，進行集菌過濾。
5.打開配置好的固體培養基，將集菌好的濾膜平貼在培養基上（濾膜上不可以有氣泡產生）。
6.按照中國藥典的規定進行培養。