實驗室微波爐加熱的最大特點是：微波是在被加熱物內部產生的，熱源來自物體內部，加熱均勻，有利于提高產品質量，同時由于“里外同時加熱”大大縮短了加熱時間，加熱效率高，實驗室專用微波爐有利于提高產品產量。微波加熱的慣性很小，可以實現溫度升降的快速控制，有利于連續生產地額自動控制加熱均勻、速度快，一般的加熱方法憑借加熱周圍的環境，以熱量的輻射或通過熱空氣對流的方式使物體的表面先得到加熱，然后通過熱傳導傳導物體的內部。這種方法效率低，加熱時間長。

選擇性加熱，實驗室微波爐加熱所產生的熱量和被加熱物的損耗有著密切關系。各種介質的介電常數在0.0001到0.5的范圍內，所以各種物體吸收微波的能力有很大的差異。一般說介電常數大的介質很容易用微波加熱，介電常數太小的介質就很難用微波加熱。這就是微波對物體具有選擇性加熱的特點。
控制及時、反應靈敏，常規的加熱方法，如蒸汽加熱、電熱、紅外加熱等，要達到一定的溫度，需要一定的時間，在發生故障或停止加熱時，溫度的下降又要較長時間。而微波加熱可在幾秒的時間內迅速地將微波功率調到所需的數值，加熱到適當的溫度，便于自動化和連續化生產。
實驗室微波爐加熱穿透能力強，遠紅外加熱的頻率比微波加熱的頻率更高，照理加熱效率要更好，但其實不然，這里面還存在一個穿透能力的概念。遠紅外加熱雖有許多優點，應用也比較廣泛，但從對物體的穿透能力看，遠紅外就遠不如微波。什么叫穿透能力呢？穿透能力就是電磁波穿透到介質內部的本領，電磁波從表面進入介質并在其內部傳播時，由于能量不斷被吸收并能轉化為熱能，它所攜帶熱量就隨著深入介質表面的距離以指數形式衰減。電磁波的穿透深度和波長是同一數量級，除了較大的物體外，一般可以做到表里一起加熱。而遠紅外加熱的波長很短，加熱時穿透能力差，在遠紅外線照射下，只有物體一薄層發熱，而熱量要到內部主要靠傳導，這樣不僅加熱時間長，而且容易造成加熱不均勻。根據對比，微波加熱的穿透能力比遠紅外加熱強的多。